A Estrutura Comum de Avaliação resultou da cooperação de sucessivas Presidências da União Europeia (Reino Unido e Áustria em 1998, Alemanha e Finlândia em 1999 e Portugal em 2000).
A estrutura base da CAF foi desenhada durante a Presidência Finlandesa, a partir de um trabalho analítico comum desenvolvido sob os auspícios da Presidência Austríaca (segundo semestre de 1998) em cooperação com a European Foundation for Quality Management (EFQM), a Academia de Speyer (Instituto Alemão de Ciências Administrativas) e o European Institute for Public Administration (EIPA).
A versão final da CAF foi produzida e testada durante as Presidências Finlandesa e Portuguesa (segundo semestre de 1999 e primeiro semestre de 2000, respetivamente).
Durante 1.ª Conferência da Qualidade para as Administrações Públicas da U.E – Partilhar as Melhores Práticas, que se realizou em Lisboa, durante a Presidência Portuguesa, nos dias 10 a 12 de Maio de 2000, os responsáveis pelas Administrações Públicas dos quinze comprometeram-se a divulgar e a promover a utilização da CAF nos respetivos países.
Em 2002 foi realizada uma avaliação do modelo, com base na experiência desenvolvida nos Estados Membros que aplicaram a CAF entre 2000/2001 (incluindo 14 organismos portugueses). Das oportunidades de melhoria detetadas resultou uma nova versão da CAF que contemplava algumas alterações, designadamente ao nível dos subcritérios. A chamada CAF 2002 foi apresentada durante a 2.ª Conferência da Qualidade para as Administrações Públicas da União Europeia, que decorreu em Copenhaga, Dinamarca, nos dias 2, 3 e 4 de Outubro de 2002.
Em 2006 foi feita uma nova revisão do modelo. A CAF 2006, apresentada na 4.ª Conferência da Qualidade, é o resultado do trabalho do CAF 2006 Technical Working Group, representado pelos correspondentes nacionais CAF de cerca de 10 Estados-membros, a EFQM e coordenado pelo Centro de Recursos CAF do EIPA (European Institute for Public Administration). Portugal esteve representado neste grupo pela Direcção-Geral da Administração e do Emprego Público.
Após seis anos de experiência de trabalho com a versão de 2006, o Grupo de Trabalho da CAF afinou e ajustou o modelo novamente, com base no feedback recebido de 400 utilizadores da CAF e de correspondentes nacionais CAF. No 5.º Evento Europeu da CAF, realizado em Oslo em setembro de 2012, foi apresentada a nova versão CAF 2013.